1994年9月，由昆明市污水處理廠籌建處、昆明市第一污水處理廠、昆明市市政設施收費管理處合并成立昆明市城市排水公司，負責昆明主城污水處理廠及配套排水管網的建設及維護運行。
2004年10月，市政府在昆明市城市排水公司基礎上成立昆明滇池投資有限責任公司(下稱滇投公司)。
2005年6月，經市國資委批準，滇投公司將昆明市城市排水公司重組為昆明排水設施管理有限責任公司(下稱昆明排水公司)。
2014年11月，市政府改革排水管理體制，建立“一城一頭一網”排水管理模式，將昆明市主城區公共排水設施運營維護特許經營權授予昆明排水公司。
2016年3月，市委、市政府將昆明排水公司升格為市屬二類企業，定位為公益性、功能類國有企業。
公司主要承擔設施服務范圍內的城市防汛排澇，截污、排水設施及相關工程項目的建設、運營維護及管理，負責各類業務相關專業設備的管理、維護和經營，以及負責各類城市排水技術的研發、運用及推廣等工作。是滇投公司集團化發展的一個重要實體業務板塊，是昆明市市政共排水設施運營維護實施主體和城市排水技術服務平臺，是滇池治理、主城截污、污水收集、調度運行主體，是昆明主城防汛排澇的主力軍。
昆明排水公司將依托公共排水設施特許經營權，緊緊圍繞滇池治理、城市公共排水服務大局，充分運用現代技術和管理手段，著力夯實城市排水技術服務平臺，全面提升城市公共排水設施健康度、維護管理運行調度水平和防汛排澇應急能力，不斷鞏固和發展公司在滇池治理、管網維護、污水收集調度中的基礎地位，切實發揮公司在滇池水環境治理與保護中的保障作用，積極探索市場化運營模式，努力拓展業務領域范圍，力爭發展成為國內一流、擁有技術和管理核心競爭力的城市排水公共管理服務商和技術服務平臺。
